環境DNA分析・遺伝子解析

環境関連事業

環境DNA分析・遺伝子解析

遺伝子解析技術で様々なニーズに応える

当社では遺伝子解析技術を用いた以下のサービスラインナップをご用意しております。

  1. 1. 環境DNA分析「特定種の在不在検定
    (特定種の生息判定)」

    環境水もしくは非侵襲的サンプルを用い、ご指定いただいた生物の生息有無を検証する試験です。

    詳しく見る
  2. 2. 遺伝子配列解析(種同定)

    形態学的な種同定が難しい生物(幼虫や卵など)や、生物由来の組織片、血液、羽などから、種を同定する試験です。

    詳しく見る
  3. 3. 遺伝子配列解析(種判定)

    お客さまから送付いただいたサンプル(組織片、血液、羽など)が、お客さまがご指定の生物種であるか否かを判定する試験です。

    詳しく見る
  4. 4. エビ・甲殻類病原体の遺伝子判定試験

    養殖エビやその種苗、養殖サイト周辺に生息する甲殻類などが、病原体のキャリアであるか否かを判定する試験です。

    詳しく見る

上記分析に関するお問い合わせ
(テクノ中部環境技術センター)

サンプル送付先

〒455-8512 名古屋市港区大江町3番12 
(株)テクノ中部 4F 環境技術センター

1. 環境DNA分析「特定種の在不在検定(特定種の生息判定)」

24,000円/検体(税抜)

※4反復試験、納期1か月の場合

環境DNAとは環境水中に溶け込んだ様々な生物由来のDNAを指します。当社の環境DNA分析「特定種の在不在検定」では環境水中における、下表の生物種由来のDNAの存在有無を検定するものです。すなわち本検定では、「A種のDNAが検出された環境水」≒「A種が生息する環境水」という結論を導き出します。

環境水試料からの分析対象種

魚類 ネコギギ
ブルーギル
オオクチバス
コクチバス
ウシモツゴ
ヤリタナゴ
イチモンジタナゴ
イタセンパラ
アブラボテ
ホトケドジョウ(東海型)
アメリカナマズ(準備中)
両生類 オオサンショウウオ(日本産)
オオサンショウウオ(中国産)
エゾサンショウウオ
爬虫類 カミツキガメ
ワニガメ(準備中)
ミシシッピアカミミガメ
甲殻類 ウチダザリガニ
ニホンザリガニ
貝類 スクミリンゴガイ
ラプラタリンゴガイ

※その他の生物種についてもお気軽にお問い合わせください。

また、本分析は環境水以外の非侵襲的試料(糞、唾液、体毛、体液のついた木片など、生体を傷付けずに得られる試料のこと)から抽出される下表の生物由来のDNAも分析対象となります(別途料金プランをご用意しておりますのでお気軽にお問い合わせください)。

非侵襲的試料からの分析対象種

コウモリ コキクガシラコウモリ
キクガシラコウモリ
モモジロコウモリ
ユビナガコウモリ
昆虫 クビアカツヤカミキリ

※その他の生物種についてもお気軽にお問い合わせください。

活用例

  • 環境アセスメントにおける希少種(オオサンショウウオなど)の生息マップ作成用のデータ取得
  • 水域における特定外来種(ブラックバスなど)や危険生物(カミツキガメなど)の生息状況の確認
  • 原型とどめないほど破壊されたコウモリの死骸が希少種(キクガシラコウモリなど)であるか否かの判定
  • 特定害獣の駆除に伴って生じる、その捕食対象種(水中に生息するものに限る)の生息量増減に関するモニタリング調査

お問い合わせから納品までの流れ

お客さま 当社
1.お問い合わせ・お見積り
  • お問い合わせフォーム作成・電子メールによる送付
お問い合わせ・
依頼書
  • 事前打ち合わせ日時の調整
  • 御見積書、発注依頼書雛形の送付(電子メール)
【オプション】
2.事前打ち合わせ
※初めてご依頼いただくお客さまおよびご希望のお客さまには、お電話もしくはWeb会議システムを用いた事前打ち合わせをお願いしております。
3.発注依頼
  • 御見積書確認
  • 発注依頼書作成・送付(電子メール)
  • 発注依頼書受領(ご契約成立)
  • サンプリングキット送付(郵送)
4.サンプリング
  • サンプリングキット受領
  • 当社「環境水サンプリングマニュアル」に従いサンプリング実施
  • オーダーフォーム作成・電子メールによる送付
    (オーダーフォームはお問い合わせフォームと同一ファイルに格納されています)
  • 記入済みオーダーフォーム受領(電子メール)
5.当社へのサンプル送付
  • 作成済みオーダーフォーム(写し)を同梱の上、サンプルを保冷剤入り簡易容器に入れ、冷蔵輸送(配送料はお客さま負担となります)
6.測定(納期:1か月)
  • サンプル受領
  • オーダーフォーム(写し)受領
  • 測定実施
  • 報告書・納品書・請求書(郵送)
  • 添付データ(電子メール配信)
7.納品・お支払い
  • 報告書・納品書・請求書受領
  • 添付データ受領(電子メール)
  • 請求書記載の指定口座への入金

分析の流れ(例:カエルの在不在を特定する場合)

「特定種の在不在検定」では、ステリベクスフィルターにトラップされた環境DNAに対し、リアルタイムPCR(Taqman法)が適用されます。サンプル中に測定対象のDNAが存在すると蛍光シグナルとして検出されます。

特定種の在不在検定のイメージ

サンプリング方法について

サンプリング方法については当社の環境水サンプリングマニュアルをご参照ください。

環境水サンプリングマニュアル
(PDF:1.7MB)

なお、①サンプル間の交差汚染防止、②輸送及び郵送の安全性と利便性確保、③ゴミや洗浄液の削減の観点から、お客さまには「注射器とステリベクスフィルターを用いたサンプリング」を推奨しております。サンプリングについてご質問などがございましたら、ご一報ください。

環境DNA学会マニュアルはこちらから

ご注意

  • サンプリング時の交差汚染には十分ご留意ください。当社リアルタイムPCR試験では、大腸菌由来プラスミドDNAを用いた陽性対照試験において、10copy/reaction以下の標的DNA分子が検出されます。
  • 当社リアルタイムPCR試験の用いられるプライマーおよびプローブはin silico 解析によるものです。
  • 当社では環境DNAの抽出にあたりPCR阻害物質を除去するためのプロセスを施しておりますが、環境水水質に依存すると推測される偽陰性反応がおこる場合があります。

環境DNA分析の実績

水からの環境DNA分析

環境DNA技術による絶滅危惧種「ウシモツゴ」の生息モニタリング

当社屋上ビオトープには、中部大学第一高等学校科学部が自然保護活動の一環として放流したウシモツゴが生息しており、当該技術はその定着・繁殖状況の確認に活用されてます。

お知らせ

環境DNA技術による絶滅危惧種「ウシモツゴ」の生息モニタリング

木屑からの環境DNA分析

環境DNA技術による特定外来種「クビアカツヤカミキリ」の生息判定

クビアカツヤカミキリは2018年に環境省より特定外来種としての指定を受けており、幼虫はサクラ・ウメ・モモ・スモモなどに寄生し、樹木を枯死に至らしめます。当社では早期発見、早期対策に資する技術として環境DNA技術を用いた同種の生息モニタリング技術を開発しました。

お知らせ

環境DNA技術による特定外来種「クビアカツヤカミキリ」の生息判定

2. 遺伝子配列解析(種同定)

「遺伝子配列解析(種同定)」では、生物由来の組織片、血液、羽、毛根(鳥類の場合は糞も対応)などから、サンプル由来の生物種を特定する試験です。本試験では上記サンプルのDNAを抽出後そのDNA配列を取得し、国際データベースと照合することで結果を導き出します。なお、本分析における対象サンプルは原則、単一生物に由来するものに限定されます。複数種の混合サンプルは分析対象にはなりません。

「遺伝子配列解析(種同定)」における対象サンプル(ひき肉の例)

活用例

  • 農園で大発生した害虫(幼虫)の正体が分からず、有効な駆除対策を計画することができずに困っている(営農分野・害虫対策)
  • 道すがら興味深い花(もしくは昆虫)を見つけたが、それが何なのか知りたくなった(知的好奇心)
  • 工場の屋外設備で電気系トラブルが発生。周辺には羽や糞が大量に散乱していた(鳥獣害対策)
  • 養殖用に購入した魚卵や稚魚が購入銘柄の種であるかどうかを急いで確認したい(水産種苗の品質確認)
  • 「エンガワ」として提供されている寿司ネタが、実はヒラメではなくカレイのエンガワという噂があるけど、これ、ホント?(食品材料検査)

お問い合わせから納品までの流れ

まずはお電話にてお問い合わせください。

052-614-7192

平日 9:00〜17:00

分析の流れ

当社の「遺伝子配列解析(種同定)」では、お客さまから供与されたサンプルよりゲノムDNAを抽出し、ここからDNAシーケンサーを用いて配列情報を取得することで、種同定を行います。ただし、取得したDNA配列はそのままでは「A」、「T」、「C」、「G」によって構成されるただの文字列に過ぎません。当社サービスでは取得配列を国際データベースに照合することで、サンプルに由来する生物種の候補をランキング形式でリストアップし、お客さまにご提供いたします。

「遺伝子配列解析(種同定)」における分析の流れ

*1 ユニバーサルプライマー:複数種の生物に対し高い相同性を持つ短鎖DNA。DNA増幅反応(PCR)の足掛か りとなる。
*2 PCR(Polymerase Chain Reaction):特定領域のDNA断片を増幅する反応。
*3 DNAシーケンサー:DNA配列を取得する装置。

「遺伝子配列解析(種同定)」における報告書例
サンプルPDFを見る
(PDF:946KB)

サンプリング方法について

  • 分析に必要なサンプル量は、条件(湿サンプル/乾燥サンプルなど)によって異なります。また、お客さまのご提供可能なサンプル量に限りがある場合もございますので、遠慮なくご要望をお申し付けください。通常、新鮮な筋肉組織の場合、50mgもあれば十分量のDNAを取得することができますが、サンプルの鮮度や保管状況によって、より多くのサンプルが必要になる場合もございます。
  • 複数種の生物に由来する単一サンプル(例:合挽ミンチ)はDNA配列の取得ができない可能性があります。また、複数のサンプル拾得を行う際は、サンプル間の交差汚染がおこらないよう十分な注意が必要です(例:使い捨て袋を使用するなど)。
  • サンプルを素手で触らないでください。サンプルに人の遺伝子が混入することで、解析結果が「ヒト」となる可能性もあります。
  • サンプル容器は未使用のチャック付きビニル袋などで十分です。袋が開封したり破れたりしないよう留意して、一旦、冷凍庫にて完全凍結させてください。
  • サンプルが冷凍保存されている限り、微生物などに由来するDNAの分解は大幅に抑制されます。サンプルを保存される際には冷凍保存をお勧めします。
  • サンプルの輸送方法は簡易容器と保冷剤をご用意いただき、上記凍結済みサンプルを入れて、冷凍便にてご送付ください。

ご注意

  • サンプリング時の交差汚染には十分ご留意ください。当社リアルタイムPCR試験では、大腸菌由来プラスミドDNAを用いた陽性対照試験において、10copy/reaction以下の標的DNA分子が検出されます。
  • 当社リアルタイムPCR試験の用いられるプライマーおよびプローブはin silico 解析によるものです。
  • 当社では環境DNAの抽出にあたりPCR阻害物質を除去するためのプロセスを施しておりますが、環境水水質に依存すると推測される偽陰性反応がおこる場合があります。

遺伝子配列解析(種同定)の実績

害虫(幼虫)の種同定

遺伝子解析技術でフジバカマに寄生する害虫を特定!~「アサギマダラの里(長野県宮田村)」の保全に貢献~

フジバカマ(キク科の植物)は宮田村の貴重な観光資源である大型の蝶「アサギマダラ」が好んで集う花を咲かせます。当社は、このフジバカマを枯らす正体不明の害虫の特定に協力することで、その駆除対策に資する重要な情報提供を行いました。

SDGs

遺伝子解析技術でフジバカマに寄生する害虫を特定!~「アサギマダラの里(長野県宮田村)」の保全に貢献~

3. 遺伝子配列解析(種判定)

「遺伝子配列解析(種判定)」では、任意生物に由来する組織片、血液、羽、毛根、糞などが、お客さまが指定する生物種に由来するものであるか否かを判定する試験です。本試験では上記サンプルのDNAを抽出後そのDNA配列を取得し、国際データベースと照合することで結果を導き出します。なお、本分析と当社サービス「遺伝子配列解析(種同定)」の異なる点は以下のとおりです。

  • お客さまから、事前に判定対象となる生物種をご指定いただく必要がある
  • 比較的劣化の進んだサンプルに対しても分析成功率が高い
  • 複数種の生物由来DNAが混在するサンプルにおいても適用できる可能性が高い
  • 劣化(断片化)DNAに対処するため解析領域の範囲が小さくなる
「遺伝子配列解析(種判定)」の
概要(羽毛の例)

活用例

  • ハチクマの巣であったと思われる鳥の巣に、幼鳥の羽が落ちていた。この巣跡がハチクマのものであったか否かを確認したい(環境調査)
  • 池の中に著しく劣化の進んだ動物の水死体を発見。この死骸がイリオモテヤマネコのものか否かを確認したい(環境調査)
  • ニホンウナギの幼魚を高値で仕入れたが、本物か否かを確認したい(水産業・養殖業)
  • ドライフラワーや押し花になった花、タンポポだと思っていたのにノゲシといわれた(知的好奇心)

お問い合わせから納品までの流れ

まずはお電話にてお問い合わせください。

052-614-7192

平日 9:00〜17:00

分析の流れ

当社の「遺伝子配列解析(種判定)」では、まず、お客さまから判定対象となる生物の種名をご指定いただきます。これを受け、当社では国際データベースを用いた配列解析を行い、分析実施可否の決定と解析対象領域の決定を行います(ここまでの作業は無料です)。なお、当社が分析実施可と判断したサンプルについては、ゲノムDNAを抽出し、ここからDNAシーケンサーを用いて配列情報を取得することで、サンプルに由来する生物種がお客さまのご指定した生物種に適合するか否かを判定します。

「遺伝子配列解析(種判定)」における分析の流れ

*1 in silico 解析:データベースより解析対象種の遺伝子配列を取得し、その生物に特異的な配列を持つ領域を探しだす。
*2 プライマー:解析対象種に特異的な配列を増幅するための短鎖DNA。DNA増幅反応(PCR)の足掛かりとる。
*3 PCR(Polymerase Chain Reaction):特定領域のDNA断片を増幅する反応。
*4 DNAシーケンサー:DNA配列を取得する装置。

「遺伝子配列解析(種判定)」における報告書例
サンプルPDFを見る
(PDF:916KB)

サンプリング方法について

  • 分析に必要なサンプル量は、条件(湿サンプル/乾燥サンプルなど)によって異なります。また、お客さまのご提供可能なサンプル量に限りがある場合もございますので、遠慮なくご要望をお申し付けください。通常、新鮮な筋肉組織の場合、50mgもあれば十分量のDNAを取得することができますが、サンプルの鮮度や保管状況によって、より多くのサンプルが必要になる場合もございます。
  • 複数種の生物に由来する単一サンプル(例:合挽ミンチ)の場合、サンプルに混入が想定される概ねの生物種の情報をあらかじめお伝えいただけると、分析精度が飛躍的に向上する場合がございます。
  • 複数のサンプル拾得を行う際は、サンプル間の交差汚染がおこらないよう、十分な注意が必要です(例:使い捨て袋を使用するなど)。
  • サンプル容器は未使用のチャック付きビニル袋などで十分です。袋が開封したり破れたりしないよう留意して、一旦、冷凍庫にて完全凍結させてください。
  • サンプルが冷凍保存されている限り、微生物などに由来するDNAの分解は大幅に抑制されます。サンプルを保存される際には冷凍保存をお勧めします。
  • サンプルの輸送方法は簡易容器と保冷剤をご用意いただき、上記凍結済みサンプルを入れて、冷凍便にてご送付ください。

ご注意

  • サンプリング時の交差汚染には十分ご留意ください。
  • 本分析におけるDNA取得成功率はサンプルの保管状況や鮮度に大きく左右されます。水分を含む状態で長時間放置されたサンプル、高温多湿条件に晒されたサンプルは含まれるDNAが断片化されている可能例があります。
  • 当社が設計する種特異的プライマーは国際データベースの情報を基にin silico 解析で作成されます。供試サンプルがデータベースに掲載のないハプロタイプである場合、解析不能となる場合がございます。
  • 本分析のDNAシーケンスに係る作業工程は信頼性の担保された外部業者に委託しております。

4. エビ・甲殻類病原体の遺伝子判定試験

水産事業者様向け遺伝子判定試験です。
エビ・甲殻類病原体の感染経路は概ね国外からの輸入種苗(稚エビ)に由来すると考えられています。しかし近年では地球温暖化による水温上昇や感染個体の死骸およびその飼育水の廃棄・排出などにより、養殖場近隣に生息する甲殻類への二次感染を経由し、養殖エビへの再感染が引き起こされる可能性も懸念されています。
当社ではこのようなリスクが想定される下記1.~6.の病原体に係る遺伝子判定を行っています(通常納期:10営業日)。

1. ホワイトスポット病ウイルス(WSSV)
感染箇所:リンパ、エラ
2. エビ血球イリド病ウイルス(SHIV)
感染箇所:リンパ・頭胸部
3. 伝染性皮下組織造血器壊死症ウイルス(IHHNV)
感染箇所:リンパ・エラ
4. 伝染性皮下組織造血器壊死症ウイルス(EHP)
感染箇所:肝膵臓 ※ 上記1.~4.はすべてリアルタイムPCR・Taqman法による検出
※ 検出感度10copy/reactionを保証
※ 繰返し試験数=2
5. モノドン型バキュロウイルス感染症(MBV)
感染箇所:肝膵臓・胃・腸管 ※ Nested-リアルタイムPCR・インターカレーター法による検出
※ 検出感度40copy/10ng・shrimp genomic DNAを保証
※ 繰返し試験数=4
6. 急性肝膵臓壊死症候群/早期死亡症候群(AHPND/ EMS)
感染箇所:肝膵臓・中腸

本疾病は2020年10月、国内初の感染事例が確認されています(検索⇒AHPND 国内初)。

※ リアルタイムPCR・インターカレーター法による検出
※ 検出感度20copy/10ng・shrimp genomic DNAを保証
※ 繰返し試験数=4

病原体検出セット 価格一覧

Aセット:上記1.~4.の病原体検出の
セット価格(税抜)
  • 4種2検体 264,000円 (@33,000)
  • 4種3検体 288,000円 (@24,000)
  • 4種4検体 304,000円 (@19,000)
  • 4種5検体 340,000円 (@17,000)
  • 4種6検体 360,000円 (@15,000)
  • 4種7検体 392,000円 (@14,000)
  • 4種8検体 416,000円 (@13,000)
※(@---)は1種1検体当たりの単価換算
Bセット:上記5.~6.の病原体検出の
セット価格(税抜)
  • 2種3検体 240,000円 (@40,000)
  • 2種4検体 272,000円 (@34,000)
  • 2種5検体 290,000円 (@29,000)
  • 2種6検体 312,000円 (@26,000)
  • 2種7検体 336,000円 (@24,000)
  • 2種8検体 352,000円 (@22,000)
  • 2種9検体 378,000円 (@21,000)
  • 2種10検体 400,000円 (@20,000)
※(@---)は1種1検体当たりの単価換算

お問い合わせから納品までの流れ

お客さま 当社
1.お問い合わせ・お見積り
  • お問い合わせフォーム作成・電子メールによる送付
お問い合わせ・
依頼書
  • 事前打ち合わせ日時の調整
  • 御見積書、発注依頼書雛形の送付(電子メール)
【オプション】
2.事前打ち合わせ
※初めてご依頼いただくお客さまおよびご希望のお客さまには、お電話もしくはWeb会議システムを用いた事前打ち合わせをお願いしております。
3.発注依頼
  • 御見積書確認
  • 発注依頼書作成・送付(電子メール)
  • 発注依頼書受領(ご契約成立)
  • サンプリングキット送付(郵送)
4.サンプリング
  • サンプリングキット受領
  • 後述の「サンプリング・輸送方法について」に従いサンプリング実施
  • オーダーフォーム作成・電子メールによる送付
    (オーダーフォームはお問合せフォームと同一ファイルに格納されています)
5.当社へのサンプル送付
  • 作成済みオーダーフォーム(写し)を同梱の上、サンプルを保冷剤入り簡易容器に入れ、冷凍輸送(配送料はお客さま負担となります)
6.測定(納期:10営業日)
  • サンプル受領
  • オーダーフォーム(写し)受領
  • 測定実施
  • 報告書・納品書・請求書(郵送)
  • 添付データ(電子メール配信)
7.納品・お支払い
  • 報告書・納品書・請求書受領
  • 添付データ受領(電子メール)
  • 請求書記載の指定口座への入金

サンプリング・輸送方法について

  • サンプリング時の個体の生死は問いませんが、できるだけ新鮮なものをご提供ください。
  • 頭部のないサンプルや頭部内容物がないサンプルは分析対象にはなりません。
  • 小型個体はそのまま当社送付のプラスチック管に封入してください。
  • プラスチック管に入りきらない大型個体については頭部内容物が流出しないところで腹部を切断し、頭部側をプラスチック管に封入してください。
  • 腹部切断に用いる刃物はサンプルごとに十分水洗して使用してください(交差汚染の原因になります)
  • サンプルを封入したプラスチック管は、1本ずつ、送付したチャック付きビニル袋に封入し、冷凍庫にて完全凍結させてください。
  • 簡易容器と保冷剤をご用意いただき、上記凍結済みサンプルを入れて、冷凍便にてご送付ください。その際にオーダーフォーム(写し)を同梱してください(オーダーフォームはお問い合わせフォームと同一ファイルに格納されています。サンプル送付先はオーダーフォーム内に記載がございます)。

その他、ご要望などがございましたら、お気軽にお問い合わせください。随時、対応いたします。

ご注意

  • サンプリング時の交差汚染には十分ご留意ください。当社リアルタイムPCR試験では、大腸菌由来プラスミドDNAを用いた陽性対照試験において、10copy/reaction以下の標的DNA分子が検出されます。
  • 当社リアルタイムPCR試験の用いられるプライマーおよびプローブはin silico 解析によるものです。
  • 当社ではDNAの抽出にあたりPCR阻害物質を除去するためのプロセスを施しておりますが、サンプル依存と推測される偽陰性反応がおこる場合があります。

CONTACT

ご相談・ご質問などございましたら、
お気軽にお問い合わせください。

お問い合わせ

PAGE TOP